一般的に拒絶査定は、第二次審査意見通知書が出された後に下されなければならない。

但し、出願人が、第一次審査意見通知書が指定する期限までに説得性のある意見陳述を行わない、或は、証拠を出さない、もしくは、出願書類に対して修正を行わない場合には、審査官は直接拒絶査定を下すことができる。

出願人が出願書類に修正を行った後も、出願人に既に通知している理由や証拠により、拒絶となりうる欠点が存在する場合には、拒絶の直接原因となる事実が変更されている場合に限り、出願人に再度意見陳述又は出願文書を修正する機会を与えるべきである。

しかし、関係する同様の欠陥を再度修正した後も、依然として出願人に既に通知している理由や証拠により、十分拒絶となりうる欠点が存在する場合には、審査官は直接拒絶査定を下すことができる。

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